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コマンドラインインターフェースによりFileMaker Serverを制御することもできますが、FileMaker Server 7では新しい管理コマンドが追加されています。Mac OS X版では下記の場所にあるfmsadminコマンドを利用します。

/Library/FileMaker Server 7/Tools/fmsadmin

（使用例）
$ "/Library/FileMaker Server 7/Tools/fmsadmin" HELP

fmsadminコマンドの概要は下記の通りです。

・BACKUP（データベースをバックアップする）
・CLOSE（データベースを閉じる）
・DELETE（スケジュールを削除する）
・DISABLE（プラグインまたはスケジュールを無効にする）
・DISCONNECT（クライアントの接続を解除する）
・ENABLE（プラグインまたはスケジュールを有効にする）
・FILES（FileMaker Serverで現在開いているファイルの一覧を表示する／将来廃止される可能性があるコマンドです）
・HELP（fmsadminコマンドのヘルプページを表示する）
・LIST（ファイル、クライアント、プラグイン、またはスケジュールの一覧を表示する）
・OPEN（データベースを開く）
・PAUSE（データベースアクセスを一時的に停止する）
・RELOAD（設定プロパティを再度読み込む）
・RESUME（データベースを使用可能にする）
・RUN（スケジュールを実行する）
・SEND（メッセージを送信する）
・STATUS（クライアントまたはファイルのステータスを取得する）
・STOP（FileMaker Serverをシャットダウンする）

上記コマンドのうち、BACKUP、ENABLE、DELETE、DISABLE、DISCONNECT、LIST、RUN、SENDおよびSTATUSはFileMaker Server 7で新たに追加されたコマンドです。