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FileMaker Server 7 AdvancedのWeb公開機能では、FileMaker Pro 7と同様に、データベースのアクセス権で定義されているユーザーのアカウント設定に基づいて、一元的にセキュリティを確保できるようになっています。ただし、これにより従来のWebセキュリティデータベースはサポートされなくなっています。

Web公開エンジンでは、管理コンソールで設定を行うことにより、特定のタイプのWeb公開技術のみ有効にすることができます。例えば、XSLTを使用したカスタムWeb公開機能のみ有効にして、インスタントWeb公開とXMLを使用したカスタムWeb公開機能は無効にする、といったことができます。

また、データベースファイルに対して適切な拡張アクセス権を設定することにより、個々のデータベースごとに特定のWeb公開機能のみ有効もしくは無効にすることもできます。

このようにセキュリティ面を考慮した機能追加が図られていて、様々な方法でセキュリティを高めることが可能になっています。