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FileMaker Server 12では、データベースサーバーの内部構造が刷新されており、スクリプトやプラグインの処理を別プロセスとして実行するコンポーネントである「FileMaker スクリプトエンジン」が新たに用意されています。

バージョン12では、FileMaker Serverのサーバーサイドスクリプトおよびプラグインを実行するスクリプトエンジン（OS Xにおけるプロセス名はfmsased）だけでなく、ODBC/JDBCおよびプログレッシブバックアップも別プロセスとして実行されるようになっています。これにより各プロセスで万一障害が発生してもデータベースサーバーに影響することがなくなったため、データベースサーバーの安定性が向上しています。

なお、FileMakerのスクリプトを実行する際にFileMaker Serverでプラグインを使用できるようにするには、プラグインを所定のフォルダに保存し、Admin Consoleの［データベースサーバー］ペインにある［サーバープラグイン］タブ内で［FileMaker スクリプトエンジン (FMSE) によるプラグインの使用を有効にする］にチェックをつけます。