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Mac版FileMaker Pro 9およびFileMaker Pro 9 Advancedの動作環境は、Mac OS X v10.4.8以降となっています。

Mac版でRAMが256MB以上が要求される点はバージョン8および8.5のときと変わりありません。また、バージョン8.5と同様にUniversalアプリケーションとしてPowerPCベースMacとIntelベースMacの両方に対応しています。

Windows版FileMaker Pro 9およびFileMaker Pro 9 Advancedの動作環境は、Windows XP（Service Pack 2）およびWindows Vistaとなっています。Windows Vistaで動作させる場合には256MB以上ではなく512MB以上のRAMが要求されます。

Mac版ではMac OS X v10.3が、Windows版ではWindows 2000が動作環境の対象外となっている点が注意点と言えます。